直接生理效應
(1)低聚異麥芽糖難以被胃酶消化，甜度低、熱量低，基本上不增加血糖血脂。低聚異麥芽糖產品不含單糖或單糖含量很低，其熱能僅為蔗糖1/6。低聚異麥芽糖很難通過消化酶而分解吸收，經與單獨口服葡萄糖人群對照實驗后證明，空腹口服低聚異麥芽糖人群，血糖與胰島素均未上升，這說明低聚異麥芽糖在胃中不被吸收、利用，全部進入腸道。因此，若長期食用，既不會增加血糖，也不改變血中胰島素水平，糖尿病患者可放心食用。
(2)低聚異麥芽糖能促進腸道內雙歧桿菌增殖，抑制腸道有害菌及腐敗物質形成，增加維生素含量，提高機體免疫力。低聚異麥芽糖不會被胃和小腸吸收，而是直接進入大腸，被雙歧桿菌優先利用，助其大量繁殖，系為雙歧桿菌增殖因子；而腸內其它有害菌則不能利用，從而能抑制有害菌生長，促使腸道內微生態向良性循環調整。如：
①維持腸道正常細菌群平衡，尤其是老年和嬰兒。雙歧桿菌能抑制病原菌和腐敗菌生長，防止便秘、下痢和胃腸障礙。
②雙歧桿菌抗腫瘤活性。
③雙歧桿菌能在腸道內合成維生素B1、B2、B6、K、尼克酸、葉酸等及某些氨基酸，提高對鈣離子吸收。
④降低血中膽固醇水平，防治高血壓。
⑤改善乳制品消化率，提高耐乳糖性。國外許多乳制品都添加低聚麥芽糖，以提高其保健功能。
⑥增強人體免疫功能，預防抗生素類對人體各種不良副作用。
(3)預防齲齒功能。低聚異麥芽糖不被齲齒鏈球菌利用，不被口腔酶液分解，因而能防止齲齒。具有異麥芽糖殘基低聚異麥芽糖與蔗糖結合使用時會強烈抑制不溶性葡聚糖合成，從而阻止齒垢形成，使蛀芽菌不能在牙齒上附著生長繁殖。因此，低聚異麥芽糖在以蔗糖為原料食品中，具有防齲齒作用。
(4)低聚異麥芽糖屬于非消化低聚糖類，具有水溶性膳食纖維功能。由于低聚糖不被人體消化液消化，故又稱之為低分子質量、非粘性、水溶性膳食纖維。但功能性低聚糖不具有膳食纖維增稠、水和、飽腹作用，其保健作用源于其特有發酵特點(雙歧桿菌增殖因子，BGF)。低聚異麥芽糖比膳食纖維優越一點是其攝入量較低，在推薦劑量內不會引起腹瀉，有一定甜味，完全水溶性，不破壞食品質地和風味，不增加粘度，不影響對礦物質和維生素吸收(對它們無包埋作用)，易添加于加工食品和飲料中。
間接生理功效
(1)促進食物消化、吸收，維持腸道正常功能。
(2)恢復抗菌素治療、放射線治療、化學治療期間腸道正常菌落。
(3)改善腹瀉與便泌，抑制病原菌和腐敗菌。服用低聚異麥芽糖能降低病原菌量，故對腹瀉有預防和治療效果。由于低聚異麥芽糖能導致雙歧桿菌增殖，雙歧桿菌通過糖代謝相應增加丙酸、丁酸等酸分泌量，這些有機酸促進腸道蠕動，使腸道運動亢進，同時通過滲透壓增加糞便水分，從而使排便性狀得到改善。長期食用低聚異麥芽糖，能防止和治療便秘；但對嚴重便秘患者，低聚糖治療效果不明顯。
(4)提高機體免疫力，起到免疫調節劑作用。
(5)減少腸道致癌物質，改善血清脂質，降低膽固醇含量。大量實驗證明，雙歧桿菌對小動物具有抗癌作用，這種抗癌作用源于通過Bifidobactefia細胞、細胞壁物質和細胞間物質使機體自身免疫能力得到明顯改善，因而起到抗癌作用。通過服用功能性低聚糖可使血清膽固醇量明顯下降。如日攝人15～30g低聚糖2周至3個月可減少血清膽固醇20～50ml。研究表明，乳酸菌包括雙歧桿菌能減少血清膽固醇總量，抑制血清膽固醇量升高，增加HDL在整個膽固醇比重(對女性明顯，男性不明顯)。有學者認為，乳酸菌存在與血漿膽固醇減少有直接關系。過多攝入動物脂肪會導致腸內膽汁酸分泌量增加，膽汁酸增加促進食物中膽固醇吸收，相應血中膽固醇亦增加。雙歧桿菌、嗜酸桿菌等有益菌可使膽固醇轉化為對人體不吸收類固醇。
(6)營養素吸收促進作用和產生營養素。雙歧桿菌能產生維生素B1、維生素B2、維生素B6、維生素B12、煙酸、葉酸，含雙歧桿菌發酵乳制品能改善乳糖不耐癥、及對鈣吸收。雙歧桿菌對礦物質元素有促進吸收作用，女性育齡期后雌激素水平下降，使體內鈣平衡受到干擾，導致骨質疏松；而雌激素水平下降又與腸內菌群失調有關。鈣吸收量和盲腸中L-乳酸量密切相關，研究者認為，這種促進吸收作用是難消化低聚糖轉化為L-乳酸，L-乳酸吸附鈣化合物使其溶解性增加，因而導致鈣吸收能力增強。